微生物燃料電池的研究早在二十世紀七十年代就有開展，但是直到最近兩年，隨著其功率的提高才成為研究熱點。其基本原理與與燃料電池相似，但可以利用更復雜的燃料（如葡萄糖，蔗糖，乙酸鹽等）來產生電流，因此可以在處理污水的同時實現電力輸出。
中國微生物燃料電池研究主要單位：華南環境科學研究所、華南農業大學資源與環境學院、環境保護部華南督查中心、清華大學環境科學與工程系、中國科學院過程工程研究所、天津大學化學工程研究所、上海師范大學生命與環境科學院、北京科技大學土木與環境工程學院、上海同濟大學化學系、哈爾濱工業大學市政環境工程學院。
華南環境科學研究所、華南農業大學資源與環境學院、環境保護部華南督查中心研究主要：在污水處理方面的應用。
清華大學環境科學與工程系研究主要：“三合一”微生物燃料電池的產電特性研究
中國科學院過程工程研究所研究主要：研究geobactermetallireducens異化還原鐵氧化物。
天津大學化學工程研究所研究主要：生物燃料電池技術研究。
上海師范大學生命與環境科學院研究主要：電子傳遞媒介體在生物燃料電池中的作用以及如何提高電池性能的對策。
上海同濟大學化學系研究主要：生物燃料電池微生物燃料電池酶生物燃料電池
北京科技大學土木與環境工程學院研究主要：利用小球藻構建微生物燃料電池
哈爾濱工業大學市政環境工程學院研究主要：廢水同生物處理與生物燃料電池發電研究。