黃山生態系統穩定平衡，植物群落完整而垂直分布，景區森林覆蓋率為84.7%，植被覆蓋率達93.0%，有高等植物222科827屬1805種，有黃山松、黃山杜鵑、天女花、木蓮、紅豆杉、南方鐵杉等珍稀植物，首次在黃山發現或以黃山命名的植物有28種。其中屬國家一類保護的有水杉，二類保護的有銀杏等4種，三類保護的8種，有石斛等10個物種屬瀕臨滅絕的物種，6種為中國特有種，尤以名茶“黃山毛峰”、名藥“黃山靈芝”最為知名。