芳村原本名為“方村”。據說西漢末年王莽篡位，有一位忠于漢室的方姓大臣，為免受王莽的迫害，攜帶家人，棄官南下福建，隱居避難。

過了數百年，這支方姓家族的一支宗親從福建遷來常山縣北郊西山村附近，見這里田地平曠，環境幽雅，很適合繁衍生息，便在此定居下來。

后來，村民們在村口建造了一座涼亭，亭門上題寫了“方村”二字，從此“方村”就成了這里的地名。如今，芳村民間還流傳著一句俗語:“先有西山，后有芳村。”意思是西山的歷史早于芳村或是芳村最早是源于西山村的。

芳村是花卉之鄉，以花名世，歷史悠久，是嶺南盆景藝術發祥地之一。南漢時期，花地就以盛產素馨、茉莉而名聞天下。元代孫蕡稱花地為“素馨茉莉天香國”。明清時代，品種越來越繁，素有“嶺南第一花鄉”的美譽。1949年11月，由芳村、崇文（崇文二十四鄉）兩區合并成芳村區。2005年4月28日，撤銷廣州市芳村區，將原芳村區的行政區域劃歸荔灣區管轄。